《国学宝典》按四库分类法分类,每类下分二级目录;二级目录下各书排列不分顺序。文言小说、通俗小说作为二级目录,列入子部。丛书单列目录,放在四部之後,与经、史、子、集并列。
《国学宝典》所收书目均为汉语文献,非汉语文献及零简残篇、出土文物类暂不收入。所收文献均进行分段整理,施以新式标点,保留正文前後的序跋和部分图表,书中附录若系从库中其他文献中摘录者(如摘录《四库全书总目提要》中相应段落),一般不再保留。原书目录及索引由软件自动产生。
《国学宝典》所有电子文件均按统一的数据库格式进行整理标引,古籍中的生僻字通过技术手段进行处理後,可在《国学宝典》专用检索软件中正确显示和查询。